13世纪中叶，西藏正式归入中国元朝版图。自此之后，尽管中国经历了几代王朝的兴替，多次更换过中央政权，但西藏一直处于中央政权的管辖之下。元朝皇帝设置了宣政院，直接管理西藏地区军政要务。这一机构的人员选用，由皇帝决定，它的报告直接送给皇帝。掌握宣政院实权的是“院使”，一般由中央政府总理全国政务的右丞相兼领。　　

　　元朝中央派官员入藏，按照户口多寡，地形险易，出产丰啬，设立大小驿站，联成交通线，由西藏通往大都（今北京市）。

　　1368年明王朝接替元王朝，继承了治理西藏的权力。明朝中央对元代的官职名称、品秩，大都保留原状。在今西藏中部和东部分别设立“乌思藏行都指挥使司”与“朵甘行都指挥使司”，隶属于陕西行都指挥使司，相当于行省级军区机构，兼理民政。西藏西部阿里另设置“俄力思军民元帅府”。这些机构的负责官员均由中央任命。

　　达赖喇嘛和班禅喇嘛两大活佛系统属于藏传佛教格鲁派。格鲁派在明代兴起，三世达赖喇嘛本是格鲁派的一个寺院的住持。明朝中央特别开例，准予他入贡，1587年封赐他以“朵儿只唱”名号。

　　1644年，清王朝取代了明王朝，进一步加强了对西藏的治理。清朝皇帝于1653年、1713年分别册封五世达赖喇嘛和五世班禅喇嘛，自此正式确定了达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号，以及他们在西藏的政治和宗教地位。达赖喇嘛在拉萨统治西藏的大部分地区，班禅额尔德尼在日喀则统治西藏的另一部分地区。1719年，清政府派军队进入西藏，驱逐盘踞拉萨三年之久的准噶尔部，着手改订西藏的行政体制。清朝皇帝封西康地区的一个青年活佛为七世达赖喇嘛，护送入藏；任命四名有功有名望的藏官为“噶伦”，管理西藏政务。1727年，设驻藏大臣，代表中央监督西藏地方行政，西藏与四川、云南、青海的界线，也于此时派员正式勘定。

　　清政府掌握确定西藏各大活佛包括达赖喇嘛、班禅额尔德尼去世后转世灵童的大权。每逢一代达赖喇嘛、班禅额尔德尼和西藏各大转世活佛的转世灵童觅到时，即将灵童姓名缮写在签上，纳入中央颁发的金瓶，由驻藏大臣会集有关大活佛，掣签确定（金瓶和签现在仍保存在拉萨）。转世灵童的剃发、取法名、选定授戒的师傅和授经的师傅，也都须经过驻藏大臣奏报朝廷核准。当举行达赖喇嘛、班禅额尔德尼的坐床和亲政典礼时，中央派大员亲临监视。

　　1911年秋，中国内地爆发了辛亥革命，推翻了统治中国近270年的清王朝，建立了中华民国。中华民国一经成立，即宣布它是合汉、满、蒙、回、藏等民族为一体的共和国。1912年1月1日，中华民国第一任临时大总统孙中山在就职宣言书中向全世界昭告：“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏等诸地为一国，则合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族之统一。”当时作为国旗的五色旗即象征五族为一体。3月，中华民国南京临时参议院颁布的民国第一部宪法《中华民国临时约法》明确规定，西藏是中华民国领土的一部分。

　　中华民国期间，中央政府一如元、明、清三朝，实行对西藏地方的治理。1912年中央政府设立蒙藏事务局（1914年5月改为蒙藏院），取代清朝的理藩院，主管西藏地方事务，并任命了中央驻藏办事长官，例行清朝驻藏大臣职权。南京国民政府成立后，于1929年设立蒙藏委员会，主管藏族、蒙古族等少数民族地区行政事宜。1940年4月，国民政府在拉萨设立蒙藏委员会驻藏办事处，作为中央政府在西藏的常设机构。依历史定制，达赖喇嘛、班禅额尔德尼以及其他大活佛，必须得到中央政府的认可和册封，他们在西藏地方才有政治上和宗教上的合法地位。民国期间，外患不已，内乱频仍，中央政府孱弱，但达赖喇嘛、班禅额尔德尼继续接受中央政府的册封。达赖、班禅等多次表示维护祖国统一，拥护中央政府。1919年，十三世达赖对北京中央政府派出的代表团说：“余亲英非出本心……余誓倾心内向，同谋五族幸福。”他在晚年（1930年）还曾表示，“吾所最希求者，即中国真正和平统一”，“都是中国领土，何分尔我”，“英人对吾确有诱惑之念，但吾知主权不可失”，公开表明“不亲英人，不背中央”的意旨（摘自刘曼卿著《康藏轺征》）。九世班禅在遗嘱中说，“余生平所发宏图，为拥护中央，宣扬佛化，促成五族团结，共保国运昌隆”。

　　1933年12月，十三世达赖喇嘛圆寂，西藏地方政府依传统旧制向中央呈报。国民政府派专使入藏致祭，并批准热振活佛为摄政，代行达赖喇嘛职权，对于寻觅十三世达赖转世灵童应遵循的办法，西藏地方政府都按照历来的规定一一呈报中央政府。现在的十四世达赖出生于青海省，原名拉木登珠，在他两岁时被选为转世灵童之一。1939年，经西藏地方政府呈报，中央政府指令青海省当局派军队把他护送至拉萨。1940年，当时任中央政府首脑的蒋介石，经特派蒙藏委员会委员长吴忠信到拉萨察看后，同意西藏地方摄政热振关于免于金瓶掣签的申请，由国民政府主席正式颁布命令，批准拉木登珠为十四世达赖喇嘛。

　　（摘选自中国政府白皮书《西藏的主权归属与人权状况》）